In vergelijking met andere alternatieven zijn de emissies van waterstofauto’s met een brandstofcel extreem laag te noemen. Het onderstaande schema geeft een vergelijking van de uitstoot van de verschillende typen brandstof.
[invoegen grafiek]
De voordelen van biobrandstoffen, aardgas en biogas liggen vergeleken met benzine en diesel met name in de relatief lage uitstoot van CO2 en NOx. Bovendien komen er bij de verbranding geen roet- en stofdeeltjes vrij. Natuurlijk moet opgemerkt worden, dat de traditionele brandstoffen ook steeds milieuvriendelijker worden. Door verwijdering van zwavel en andere schadelijke componenten worden de brandstoffen op zich steeds schoner en door technische voorzieningen als katalysatoren en roetfilters vermindert de schadelijke uitstoot. Door technische geavanceerde motoren neemt het verbruik af.
Een andere optie is het gebruik van waterstof in een normale verbrandingsmotor. Dat principe wordt toegepast in de Subaru Impreza, die door de HAN is omgebouwd en die ook deel uitmaakt van het HyMove-project. Voor het verbranden van waterstof in een normale verbrandingsmotor zijn door de karakteristieken van waterstof een aantal technische aanpassingen noodzakelijk. De uitstoot bestaat in principe ook alleen uit water.